南澳地理位置重要，为漳潮锁钥、东南门户。朝廷为抵御倭夷侵扰，打击海寇劫掠，1575年，明朝特设立“闽粤南澳镇”。“镇”是明清军队建制单位，南澳总兵是正二品大员，负责闽粤交界海面军务。康熙收复台湾后，南澳总兵还分批轮流参与守卫台湾、澎湖、淡水，三年一班，前后历二百余年。明清两朝共有177任，计167名总兵、副总兵驻守在这里。

南澳总兵府全称“闽粤南澳总镇府”，是全国唯一的海岛总兵府，位于深澳镇原南澳城旧址正中，明万历四年（1576）第二任副总兵晏继芳开始兴建。至清康熙中期，总兵府的建筑体已经比较完善，主体建筑由主座、两厢、前座、门埕、两廊、帅旗座、钟、鼓楼、东辕门、西辕门等组成。总兵府留下了众多英雄的足迹，民族英雄刘永福曾于两次任南澳总兵，郑成功更是以此为据点，招兵练兵，最终收复台湾，目前尚存“郑成功招兵树”、“验兵石”等以作纪念。

2012年7月，我县以总兵府为载体，筹划建设反腐倡廉教育基地，集中展示历任南澳总兵中杰出代表在海防建设、戍边安民、兴学济世、扶贫赈灾等方面恪守清廉、谦勤笃实的典型事例，于2013年底建成，面向广大党员干部和群众开展廉洁人格教育和从政道德教育。为充分发挥历史优秀廉政文化的借鉴作用，该基地被省纪委定为“广东省反腐倡廉教育基地”。

2014年8月，经中央台办、国台办批准，在南澳总兵府设立“海峡两岸交流基地”并挂牌，为促进两地交流合作、密切两岸同胞联系搭建了平台。