自1950年至2017年，南澳县所属区、乡、公社、镇、村的行政区域先后进行26次调整、撤并和变更。至2017年１月，南澳县设后宅、云澳、深澳3个镇和青澳旅游度假区、黄花山海岛国家森林公园2个管委会，有41个行政村、5个居委，共82个自然村。1997年3月，根据《国务院关于开展勘定省、县两级行政区域界线工作有关问题的通知》，南澳县开始对各镇界线进行联合勘定，全县3个镇3条镇级界线总长为23.98公里，镇边界线交会点1个，埋设界桩7个。2015年，完成对玉珑湾等11处商住楼和后宅镇东崇路命名的审批，同时对深澳镇和云澳镇有关九溪澳村的行政区划进行整改调整，将九溪澳村划入深澳镇行政区。