南澳岛地质构成以断裂构造为主，主岛位于泉州—汕头地震带南端，已查明的区域性大断裂有北至东方向的南澳—长乐断裂和北至南方向的黄岗断裂，这两条断裂均为活动性断裂，在主岛东北部海面交汇。南澳岛的岩石大部分属于燕山三、五期花岗岩。岛东部细粒花岗斑状岩花岗岩、花岗斑岩小岩株，呈北东方向展布。岛北部大尖山一带有流纹斑岩、凝灰熔岩。岛中部以变质岩居多。

　　南澳岛地貌属低山剥蚀丘陵地貌，形似葫芦，海岸多为岩石陡岸。地貌以高低丘陵为主，东西两部为宽而突起的丘陵，东部最宽 10.5 公里，西部最宽 5 公里，东西长21.5 公里。中部为狭小的冲积平原，岛的最狭长处仅 2.1 公里，平地面积仅占总面积的6.4%。海拔 500 米以上的山峰有 3 座，西部最高山峰为高嶂岽，海拔 584.8 米，东部最高山峰为果老山，海拔 573.3 米，白牛大尖山海拔 524.3 米，其余的为低山丘陵。由于海湾的冲积及山洪的冲击，形成隆澳、深澳、青澳、云澳 4 个平坦地带。有十几条山坑（涧）流入大海，山坑集水面积均在10 平方公里以下。南澳岛的南坡因受风雨侵蚀，表层泥沙流失严重，岩石裸露，形成“石蛋”地貌；北坡黏土层比南坡厚。海岸地带系海积平坦地带、海蚀阶地、谷口、小型洪积扇、潟湖。

　　南澳土壤共划分为水稻土、赤红壤、滨海砂土 3 个土类。南澳水稻土是花岗岩、砂页岩的堆积物、洪积物及滨海沉积物发育而成，分布面广，沉积平原及丘陵都有，总面积 8537.5 亩，占全县总面积的 5.4%，占耕地面积的 91.78%。南澳赤红壤有机质不均匀，氮磷钾含量少，土壤呈酸性，总面积 13.92 万亩，其中旱地赤红壤面积765 亩，分布于洪积阶地、台地及山坡地。南澳滨海沙土面积 4604 亩。