明清时期，朝廷为了边关和海疆的安全，特地设立军队的编制单位——镇，以总兵一员统之，故镇又称总镇。地处粤东闽南海上交会的南澳岛，地理位置固然重要，但在明朝初年朝廷却采用一条错误的策略——弃置，即放弃管理，移走居民，使南澳成为海外荒服，以为如此便可达到靖边的目的。结果事与愿违。在无政府状态下，南澳成为盗寇的渊薮。

　　有鉴于此，明万历三年（1575年）福建巡抚和两广总督联奏朝廷，建议设立副总兵专驻南澳，兼领漳潮两府兵事。举凡福建南路、广东东路等地的海防，都由南澳镇辖督。奏请于同年批准，颁设“协守漳潮等处地方专驻南澳副总兵”。领官兵三千五百余人，兵船八十五只。南澳副总兵不必听两省总兵节制，而制两省之兵，军饷则两省分支。

　　首任南澳副总兵是北直昌黎人白翰纪。带着朝廷赐予的特殊权力，肩负着捍疆卫土的重任，白翰纪到南澳后的首件大事就是选址建城，可惜不久便因劳成疾而卒。为了纪念他，后来建成的南澳城也称白城。继任者晏继芳续建南澳城。南澳城位于深澳金山南麓，从地理位置上看，三面环山，北面临海，近海之中，虎屿和猎屿二岛成天然屏障，且水路通畅，是可守难攻的理想地盘。总兵府署居城正中，坐南朝北，与南澳城北门同轴。南澳城围五百丈，设四门：东曰朝旭，西曰扬威，南曰金城，北曰候潮；明万历四十八年（1620年）副总兵何斌臣重修时改其匾：东曰泰始，西曰绥定，南曰安澜，北曰锁钥。城门的题匾多含坚城靖边之意。

　　清康熙三十四年（1695年），总兵杨嘉瑞再复建城又改城门匾：东曰迎紫，西曰望霞，北曰观澜，南门面山不开。此时的南澳城围已有619丈，其中，西北319丈属闽（福建），东南300丈属粤（广东），分别由南澳镇的左营和右营管辖。南澳所有四澳之中，云澳与青澳属闽，而深澳与隆澳属粤；即便在深澳之中也有闽粤分界而治的区域。存留至今的位于总兵府前的贵丁街就是当年闽粤分界的标线。 （柯世伦）